Kanë kaluar dy vjet nga bastisja e CCG-së në Anteiku. Edhe pse atmosfera në Tokio ka ndryshuar në mënyrë drastike për shkak të rritjes së ndikimit të CCG-së, fantazmat vazhdojnë të përbëjnë një problem pasi kanë filluar të kenë kujdes, veçanërisht organizata terroriste Aogiri Tree, e cila pranon kërcënimin në rritje të CCG-së për ekzistencën e tyre. Krijimi i një ekipi special, i njohur si Skuadra Quinx, mund t'i sigurojë CCG-së shtytjen që u nevojitet për të shfarosur banorët e padëshiruar të Tokios. Si njerëz që i janë nënshtruar një operacioni për të shfrytëzuar aftësitë e veçanta të fantazmave, ata marrin pjesë në operacionet për zhdukjen e krijesave të rrezikshme. Udhëheqësi i këtij grupi, Haise Sasaki, është një gjysmë vampir, gjysmë njeri, i cili është trajnuar nga hetuesi i famshëm i klasës speciale, Kishou Arima. Megjithatë, ky i ri ka më shumë nga sa duket, pasi kujtime të panjohura i ngërthejnë në mendje, duke i kujtuar ngadalë personin që ka qenë.