Në vitin 2015, Engjëjt, makina luftarake të mëdha, jashtëzakonisht të fuqishme, aliene, shfaqen në Tokio për herë të dytë. Shpresa e vetme për mbijetesën e njerëzimit qëndron në Evangelion, një makinë luftarake humanoide e zhvilluar nga NERV, një agjenci speciale e Kombeve të Bashkuara. Të aftë për të përballuar çdo gjë që engjëjt mund të hanë, e meta e vetme e Evangelion qëndron në numrin e kufizuar të njerëzve në gjendje t'i pilotojnë ata. Vetëm një pjesë e vogël e adoleshentëve, të gjithë të lindur katërmbëdhjetë vjet më parë, nëntë muaj pas shfaqjes së parë të Engjëjve, janë në gjendje të ndërlidhen me Evangelion. Një adoleshent i tillë është Shinji Ikari, babai i të cilit kryeson ekipin NERV që zhvilloi dhe mirëmban Evangelion. I futur në një vorbull beteje dhe ngjarjesh që ai nuk i kupton, Shinji detyrohet të zhytet thellësitë e burimeve të tij të brendshme për guximin dhe forcën jo vetëm për të luftuar, por edhe për të mbijetuar, ose rrezikon të humbasë gjithçka.