Historia zhvillohet në vitin 2138 kur lojërat e realitetit virtual po lulëzojnë. Yggdrasil, një lojë e njohur në internet mbyllet në heshtje një ditë. Megjithatë, protagonistja Momonga vendos të mos dalë nga llogaria. Momonga më pas shndërrohet në imazhin e një skeleti si "magjistari më i fuqishëm". Bota vazhdon të ndryshojë, me personazhet jo-lojtarë (NPC) që fillojnë të ndjejnë emocione. Duke mos pasur prindër, miq ose vend në shoqëri, ky i ri i zakonshëm Momonga më pas përpiqet të marrë përsipër botën e re në të cilën është bërë loja.