Në betejat e para kundër Engjëjve monstruozë, pilotët e rinj Eva, Shinji dhe Rei, u detyruan të mbanin shpresat e njerëzimit mbi supet e tyre. Tani, me sulmin vdekjeprurës të Engjëjve që përshkallëzohet dhe Impaktin e Tretë apokaliptik që po afrohet, Shinji dhe Rei e gjejnë barrën e tyre të ndarë nga dy pilotë të rinj Eva, Asuka e zjarrtë dhe Mari misterioze. Duke manovruar makinat e tyre gjigante Eva në betejë, katër shpirtrat e rinj luftojnë me dëshpërim për të shpëtuar njerëzimin nga qiejt - por a do të jenë në gjendje të shpëtojnë veten?