Pas goditjes së dytë, gjithçka që mbetet nga Japonia është Tokio-3, një qytet që po sulmohet nga krijesa gjigante që kërkojnë të zhdukin llojin njerëzor, të quajtur Engjëj. Pasi nuk e ka parë babanë e tij për më shumë se tetë vjet, Shinji Ikari merr një telefonatë në të cilën i thuhet të vijë urgjentisht në Selinë e NERV, një organizatë që merret me shkatërrimin e Engjëjve përmes përdorimit të mekanizmave gjigantë të quajtur Evas. Objektivi i Shinji është të pilotojë njësinë Eva 01 ndërsa bashkohet me pilotin Eva Unit 00, Ayanami Rei.